Bảo tàng Cội Nguồn mở cửa từ tháng 4/2009 với các hiện vật cổ được trưng bày trong 5 tầng lầu, tái hiện Phú Quốc từ những ngày đầu khai hoang. Vài giờ vòng quanh bảo tàng, quý khách sẽ được kể lại những câu chuyện về Phú Quốc theo nhiều góc nhìn lịch sử khác nhau. Bảo tàng Cội Nguồn là bảo tàng tư nhân duy nhất ở đảo ngọc này, nằm giữa Novotel Phu Quoc Resort và trung tâm Dương Đông.
Mỗi tầng tại bảo tàng Cội Nguồn trưng bày chủ đề theo từng giai đoạn lịch sử của huyện đảo. Nổi bật trong số đó là những tạo tác bằng gỗ hàng trăm tuổi. Quý khách sẽ được dịp chiêm ngưỡng chiếc thuyền gỗ mà anh hùng Nguyễn Trung Trực dùng để thu gom lương thực từ tàu chiến Pháp bị chìm năm 1868. Một số bộ sưu tập giá trị khác bao gồm 50 cây giáo đá, 30 tác phẩm nghệ thuật dân gian và 300 văn tự bằng tiếng Việt, tiếng Anh và tiếng Pháp nói về con người và vùng đất Phú Quốc.